Adopt cachecontrol 0.12.0 with msgpack support というコミットがありました。
どうやら CacheControl というのが pip が使っている requests 用のキャッシュライブラリで、その最新版が msgpack を使っているようです。
前のバージョンはバイナリデータを base64 した上で json に入れて gzip していたのですが、もともと圧縮されてるバイナリを扱うときに gzip は base64 によって増えた分を減らす以上の効果は期待できない上、 PyPI からダウンロードするファイルってほぼ100%圧縮済みなので、キャッシュファイルの読み書きで無駄なオーバーヘッドがあったみたいですね。
バンドルされてる msgpack は pure Python で実行できる fallback モジュールのみなのでどこでも動くし、 Cython 版じゃないのも今回みたいにファイルが大きい以外はデータは多くなくて単に base64 + gzip の負荷を減らしたいときは完全に安全だし、まさに msgpack の典型的な成功例 (json にバイナリ詰めたかったら msgpack!) のように見えます。
ということで、 pip 9.1 がリリースされたら msgpack のユーザーが爆発的に増えそうです。